Il restauro iniziò alla fine del 2003 e l'inaugurazione avvenne nel 2009. Gli allestimenti espositivi comprendono un museo archeologico che accoglie reperti trovati nelle isole Egadi (come ad esempio anfore di vari tipi e periodi storici, reperti preistorici, una statua acefala, la “fiasca del pellegrino”, un rostro di epoca romana ritrovato nelle acque delle Egadi); una piccola sezione dedicata ai Florio, due installazioni multimediali olografiche di grande effetto e suggestione dove prende vita la camera della morte e dove sono raccolte le testimonianze delle persone che hanno lavorato in questo stabilimento. Ed inoltre: una saletta per la proiezione di filmati storici, due sale dedicate all'esposizione delle immagini dei grandi fotografi dell'agenzia Magnum, una serie di pannelli didattici sulla pesca e sulla lavorazione del tonno, la realizzazione e l'installazione di grandi pannelli grafici e fotografici che illustrano i momenti e le attività più significative delle attività della tonnara. La stanza dell'olio dove vengono esposte le “scatolette” dove veniva inscatolato il tonno. All'interno del complesso, nella grande “Galleria delle Macchine”, è stata realizzata una sala convegni da 400 posti, climatizzata e completamente arredata e attrezzata, affiancata ad un grande ambiente per l'accoglienza e la reception.